预防杂菌发生是食用菌生产的重要环节，具体应做好以下几方面工作：
一、选择优良菌种 生产中要选择纯度高、菌龄适当、生命力旺盛、无杂菌污染的菌种。除此之外，在食用菌栽培过程中，还要定期进行提纯复壮，以保持菌种原有的优良性状。
二、配制适宜的培养料 由于大多数食用菌喜欢偏酸性环境，所以将培养料的ＰＨ值适当调低，可抑制杂菌繁殖。在麦麦夫、米糠等含有淀粉和可溶性糖的培养基之中，杂菌很容易生存。但在木屑培养料中，杂菌则会因少糖缺少可利用的酶系而受到抑制，无法生存。例如，用稻草栽培平菇、凤尾菇、草菇等，杂菌就较少发生；而用甘蔗渣、玉米芯等作培养料，杂菌发生就较为严重。
三、改进接种方法 用生料栽培食用菌时，增加５％至１０％的接种量，并将菌种的２／３接种于覆盖料面和四周，有利于菌丝尽快占领培养基表层，提高抗杂菌能力。段木接种时，适当缩小穴距，并在段木两端断面各接种一穴，既可避免杂菌侵入，又能加速菌丝在段木中的生长。
四、创造适宜的环境条件 食用菌栽培过程中，可根据大多数菌种（除草菇）都要求较低温度，而杂菌多数喜高温的特性，采用适当的降温培养方法。从湿度来看，菌丝生长阶段要求较低的空气湿度，杂菌则要求高湿环境，故菌丝生长期间应控制空气湿度在６０％以下。
